Les plans sectoriels de la navigation de plaisance sur les lacs de Thoune et de Brienz ainsi que pour la partie bernoise des lacs de Bienne et de Neuchâtel ont été adoptés par le Conseil-exécutif du canton de Berne et sont entrés en vigueur en 2013.
Les nouveaux plans sectoriels se concentrent sur les places d’amarrage, fixant les zones où il est possible ou impossible d’en créer de nouvelles. Ils subdivisent à cet effet le rivage en trois types de secteurs de réglementation: les secteurs d’exclusion, où la création de nouvelles places d’amarrage est impossible, les secteurs de consolidation, qui peuvent accueillir les places d’amarrage déplacées et où un petit nombre de places peut être créé, et les secteurs à examiner, offrant la possibilité de réaliser des projets d’envergure. Avant de pouvoir construire un nouveau ponton, il faut édicter un plan d’affectation. Les plans sectoriels habilitent les communes riveraines des lacs à élaborer, pour les secteurs de consolidation et les secteurs à examiner, des plans d’affectation de portée contraignante pour les propriétaires fonciers. Depuis 2013, les communes ont la possibilité et le devoir d’adopter des plans concernant la surface des lacs, bien que celle-ci relève de la souveraineté cantonale.